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Ein Haufen Daten und doch kein Müll: Das ENCODE-Projekt
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Ein Haufen Daten und doch kein Müll: Das ENCODE-Projekt

Traditionell werden wissenschaftliche Ergebnisse zu einem Projekt aus einem Labor zu einem Manuskript zusammengefasst, an ein Magazin zum Begutachten geschickt, und eines schönen Tages publiziert. Was passsiert aber, wenn 442 Autoren aus über 100 verschiedenen Instituten und Universitäten 147 verschiedene Zelltypen untersuchen? Es entsteht die Enzyklopädie der DNA-Elemente (ENCODE), deren zweite Phase jetzt auf einen Schlag in 30 Papers publiziert wurde.

Im ENCODE Projekt wurde systematisch untersucht, welche Teile der DNA tatsächlich in RNA transkribiert werden, wie dies mit bekannten Transkriptionsfaktoren zusammenhängt, also Proteine, die an DNA binden und so die Transkription beeinflussen, wie sich das Chromatin, zwischen den Zelllinien unterscheiden und  wie spezifisch die Histone modifiziert sind (Histone sind Proteinkomplexe, um die die DNA gewickelt ist). Schon dieser Satz mit sechs Kommas macht Mühe zu lesen. Wie soll man dann verstehen was bei dem ENCODE Projekt rauskam?

Die Autoren fassen es in dem Hauptpaper in Nature so zusammen:  ”These data enabled us to assign biochemical functions for 80% of the genome, in particular outside of the well-studied protein-coding regions.” Anders ausgedrückt: Die DNA, die zwischen den Genen liegt (rund 98% der Gesamt-DNA, im Jargon “Junk-DNA”) hat regulatorische Funktion. Sie beeinflusst direkt und indirekt wann und wie stark Gene abgelesen werden, und ermöglicht dadurch einerseits die große Diversität von Zelltypen und andererseits auch spezifische Antworten von Zellen auf externe Reize.

Die Ergebnisse einer dermaßen umfangreiche Studie können unmöglich in Textform einem einzelnen Artikel akkurat zusammengefasst werden. Nature hat das auch erkannt, und bietet ein nettes Visualisierungstool zu den jetzt publizierten ENCODE Ergebnissen an. Man kann dort in 13 verschiedenen Handlungssträngen die Ergebnisse der Studie nachvollziehen. Das ganze gibts auch als iPad/iPhone App. Und wer eine etwas skeptischere Analyse der Ergebnisse direkt vom Koordinator des Projects und gleichzeitig verantwortlicher Autor des Nature Papers lesen will, ist mit dem Blogartikel von Ewan Birney gut bedient.

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Über den Autor auf WeiterGen:

WeiterGen ist ein Wissenschaftsblog, nicht weil nur über Wissenschaft und Forschung berichtet würde, sondern weil es aus der Sicht eines Wissenschaftlers geschrieben ist. Der Autor von WeiterGen ist promovierter Biologe und betreibt Grundlagenforschung an einem öffentlich finanzierten Institut im europäischen Ausland. Er ist außerdem noch Administrator des deutschen Teils von ResearchBlogging, einem Blog-Aggregator für Artikel ausschließlich über begutachtete Papers.

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