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BeersDeCoded – welches Bier ist mit welchem verwandt?
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Bierologie

BeersDeCoded – welches Bier ist mit welchem verwandt?

Kleine und große Brauereien produzieren heutzutage eine solche Vielzahl von Bieren, dass es gar nicht so einfach ist, den Überblick zu behalten oder neue Lieblingssorten zu entdecken. Wer bei der Auswahl einer neuen Sorte nicht nur nach dem Etikett oder nach Mundpropaganda gehen möchte, kann bald Bierempfehlungen auf Basis von Mikroben- und Pilz-Verwandschaft bekommen.

Denn bei Kickstarter hat sich ein Team aus Do-It-Yourself Biologen aus der Schweiz eingefunden, welches versucht, die DNA der Biere zu entschlüsseln um so letztlich einen Stammbaum der Biere zu erstellen: BeerDeCoded. Die Idee ist es, die DNA der Mikroben und Pilze in jeweils einer Flasche von sovielen Bieren wie möglich per DNA-Sequenzierer zu entschlüsseln und sie mit anderen Bieren zu vergleichen. Daraus wird dann ein Stammbaum erstellt (Für die Phylo-Nerds: Das ganze wird vermutlich ein Distanz-Baum, basierend auf Anwesenheit/Abwesenheit der verschiedenen Arten). Es besteht die Hoffnung, dass dieser Stammbaum dann auch ungefähr dem Geschmack folgen wird: wenn Bier A sehr ähnliche Mikro-Organismen zu Bier B hat, dann sollten Fans von Bier A auch Gefallen an Bier B finden.

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http://www.laborwelt.de/menschen/blogs/blogs-2015/beersdecoded-welches-bier-ist-mit-welchem-verwandt.html

Über die Autoren von Bierologie :

    

Bastian  Greshake hat es nach einem kurzen Informatik-Studiums-Intermezzo an der TU Dortmund eigentlich nur für ein Stipendium nach Frankfurt am Main verschlagen. Dort gestrandet studiert er dort nun im Master-Programm Ökologie und Evolution.
Zumindest wenn er nicht gerade in die Lebensweise der Hessen eingeführt wird. Neben seinen Studiengebieten bloggt er über die Themen, die gerade in Paperform hochgespült werden und spannend klingen. Philipp Bayer hat einen Bachelor in Biologie, ein Graduate Certificate in IT und studiert momentan für seinen Master in IT in einem übertrieben großen Land voller Spinnen und Schafe. Für die Bierologie schreibt er zumeist über Biologie, Evolution und allem was an den Rändern der Gebiete noch so angeschwemmt wird.

    

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Von Menschen und Mäusen

Pflanzen bergen einen wahren Schatz an potentiell therapeutisch relevanten Substanzen. Das Problem dabei ist, dass diese von den Pflanzen meist nur in geringen Mengen produziert werden. Jetzt könnte man natürlich probieren die Pflanzen derart zu manipulieren, dass sie besagte Substanzen in größeren Mengen bilden. Das ist allerdings sehr aufwendig und durch die vergleichsweise lange Generationszeit der meisten Pflanzen auch mühselig. Außerdem wäre das ja dann grüne Gentechnik und wie wir alle wissen ist das ja Teufelszeug.

Rama via Wikimedia Commons, Scilogs 

Pflanzen bergen einen wahren Schatz an potentiell therapeutisch relevanten Substanzen. Das Problem dabei ist, dass diese von den Pflanzen meist nur in geringen Mengen produziert werden. Jetzt könnte man natürlich probieren die Pflanzen derart zu manipulieren, dass sie besagte Substanzen in größeren Mengen bilden. Das ist allerdings sehr aufwendig und durch die vergleichsweise lange Generationszeit der meisten Pflanzen auch mühselig. Außerdem wäre das ja dann grüne Gentechnik und wie wir alle wissen ist das ja Teufelszeug.  

Dann doch lieber rote Gentechnik in Mikroorganismen, die wachsen schneller und die Akzeptanz von mikrobiell hergestellten Substanzen ist offensichtlich auch deutlich höher, wenn man sich die breite Verwendung von Hefeextrakt betrachtet. Marmite lässt grüßen. In der Publikation aus Nature Communications, die ich heute vorstelle, sollte die Produktion des potentiellen Krebsmedikaments Noscapine, das im Schlafmohn gebildet wird, in Hefen verlagert werden. Quasi biologisches Outsourcen. Entdeckt wurde Noscapine 1817 von Pierre-Jean Robiquet und es konnte einige Jahre später gezeigt werden, dass Noscapine, im Gegensatz zu anderen Opiaten, weder schmerzlindernd noch Sucht auslösend wirkt. Spätestens seit 1998 ist das Antikrebs-Potential von Noscapine bekannt. Durch seine Bindung an Tubuline, können diese nicht polymerisieren, die für die DNA-Vervielfältigung benötigten Spindelfasern können sich somit nicht ausbilden und die Zelle dann nicht mehr teilen, wodurch sie schließlich stirbt. In den 1960ern konnte gezeigt werden, dass Noscapine aus Scoulerine gebildet wird, allerdings war nichts über die zugrunde liegende Biochemie und die beteiligten Gene bekannt.

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Detritus

Ausprobieren wäre so einfach: die gesamte Zunge kann die grundlegenden Grundgeschmacksrichtungen wahrnehmen. Weshalb sich trotzdem ein Mythos verbreiten konnte, nach dem nur eng begrenzte Bereiche auf der Zunge für süß, salzig, bitter und sauer zuständig sind, ist mir ein Rätsel.

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Ausprobieren wäre so einfach: die gesamte Zunge kann die grundlegenden Grundgeschmacksrichtungen wahrnehmen. Weshalb sich trotzdem ein Mythos verbreiten konnte, nach dem nur eng begrenzte Bereiche auf der Zunge für süß, salzig, bitter und sauer zuständig sind, ist mir ein Rätsel.

Ich bin mir sicher, in meinen Schulbüchern stand es noch so. Und auch dieser Tiptoi-Spielzeugstift von Ravensburger erzählt das meinem Kind, auf Wunsch auch wiederholt. Die Zunge soll angeblich über „Geschmackszonen“ verfügen, in denen sie für die unterschiedlichen Geschmacksrichtungen empfindlich ist. Über die Google-Bildersuche lassen sich zahlreiche Beispiele für die Zungenkarte finden – häufig, um den Mythos zu veranschaulichen und zu entkräften. Diese „Zungenkarte“ ist nämlich längst überholt und totaler Quatsch. Schlimmer noch: sie war noch nie richtig.

Verfolgt man die Sache zu ihren Ursprüngen, erfährt man Erstaunliches. Sie geht paradoxerweise auf eine Arbeit zurück, die genau das Gegenteil schlussfolgerte. Der Physiologe David Pauli Hänig beschrieb in einer 1901 publizierten und im Übrigen recht unterhaltsam geschriebenen Arbeit „Psychophysik des Geschmackssinnes“, dass wir an unserer gesamten Zungenoberseite süß, salzig, sauer und bitter wahrnehmen können.


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Astrodictium simplex

Die Organisation für Wissenschaftskommunikation “Wissenschaft im Dialog” hat das diesjährige Wissenschaftsbarometer veröffentlicht und die Meinung der deutschen Bevölkerung zu Wissenschaft und Forschung abgefragt. Mit teilweise interessanten, teilweise vorhersehbaren und teilweise deprimierenden Ergebnissen…

http://www.scienceblogs.de/astrodicticum-simplex

Die Organisation für Wissenschaftskommunikation “Wissenschaft im Dialog” hat das diesjährige Wissenschaftsbarometer veröffentlicht und die Meinung der deutschen Bevölkerung zu Wissenschaft und Forschung abgefragt. Mit teilweise interessanten, teilweise vorhersehbaren und teilweise deprimierenden Ergebnissen…

13 Fragen hat man einer repräsentativen Auswahl von 1006 Menschen im Mai 2016 gestellt. Die erste lautete “Wie groß ist im All gemeinen Ihr Interesse an wissenschaftlichen Themen?”. Gut, das ist ein wenig unkonkret – aber immerhin sind 41 Prozent der Befragten interessiert (2014 waren es noch 33 Prozent).

Interessant für meine Arbeit ist die Frage nach den Informationsquellen. Zumindest in dieser Umfrage ist das Fernsehen immer noch die Hauptinformationsquelle. Für mich und meinen Job eher enttäuschend sind die 54 Prozent für die das Internet als Quelle keine Rolle spielt; ebenso wie die deprimierenden 82 Prozent, die kein Interesse an Vorträgen, Veranstaltungen u.ä. zum Thema Wissenschaft haben.

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BlooDNAcid

Eines der zahlreichen Potentiale von NGS, der Technologie für das massiv-parallele Sequenzieren von DNA, ist die schnelle Diagnostik bei kranken Neugeborenen, die an den Folgen eines Gendefekts leiden. So wie im Falle eines zwei Monate alten Jungen, der vor einiger Zeit schwer krank zur Welt kam und nach nur zwei Monaten auf der Neugeborenen-Intensivstation (NICU) in Kansas City mit dem Tod durch Leberversagen rang.

http://scienceblogs.de/bloodnacid

Eines der zahlreichen Potentiale von NGS, der Technologie für das massiv-parallele Sequenzieren von DNA, ist die schnelle Diagnostik bei kranken Neugeborenen, die an den Folgen eines Gendefekts leiden. So wie im Falle eines zwei Monate alten Jungen, der vor einiger Zeit schwer krank zur Welt kam und nach nur zwei Monaten auf der  Neugeborenen-Intensivstation (NICU) in Kansas City mit dem Tod durch Leberversagen rang.

Der Genetiker S. Kingsmore und sein Team nahmen ihm und seinen Eltern Blut ab, sequenzierten mittels NGS innerhalb dreier Tage die drei kompletten Genome und fanden eine seltene Mutation, die beide Eltern besaßen und jeweils an das Kind vererbt hatten. Diese Mutation verursachte eine Erkrankung, wobei ein überaktives Immunsytem Leber und Milz angreift und schädigt. Ausgehend von dieser Diagnose wurden dem Neugeborenen sofort immunsystemdämpfende Medikamente verabreicht, so daß sich sein Zustand rasch verbesserte, er überlebte und inzwischen gesund zu Hause lebt. Hätte man das normale humangenetisch-diagnostische Prozedere durchlaufen, hätte es bis zu einen Monat gedauert, bis die Untersuchungsergebnisse vorgelegen hätten und der Junge wäre jetzt höchstwahrscheinlich tot.

Dieses Kind war eines von 44 kranken Neugeborenen, die von der Gruppe untersucht worden waren; für 28 dieser Patienten konnten sie innerhalb kürzester Zeit eine Diagnose stellen und etwa die Hälfte davon profitierte von einer direkt auf der Diagnose aufbauenden Behandlung. Die Untersuchungsreihe ist Teil eines vor einiger Zeit gestarteten und noch bis 2019 laufenden, größeren Forschungsprojekts, im Rahmen dessen untersucht werden soll, ob man durch schnelles Sequenzieren Neugeborenen unnötige Untersuchungen und nutzlose Behandlungen ersparen aber auch, ob man damit Eltern unterstützen kann, über die Versorgung und Pflege ihres Kindes zu entscheiden, wenn bei diesem eine sicher tödlich verlaufende Erkrankung diagnostiziert wird. Denn selbst wenn ein Kind stirbt, kann das Wissen über die genetische Grundlage der Krankheit den Eltern helfen, damit umzugehen und stellt überdies eine wichtige Information über ihre eigene genetische Disposition dar.

Die Technik, die die Gruppe um Kingsmore für ihre Untersuchungen einsetzt, beruht auf der vollständigen Auslesung der Genome von Eltern und Kindern mittels NGS und einer speziellen Software, die aus dem gigantischen Wust an genetischer Information solche Sequenzen herausfiltert, die mit den beim Neugeborenen beobachteten Symptomen assoziierbar sind. Nachdem so eine Diagnose gestellt worden ist, werden die Daten in einer sicheren Datenbank für spätere Verwendung gespeichert.

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Fischblog

Kennen wir seit Jahren, können wir mitsingen: Osteuropa, lange in Vergessenheit geraten, hochspezifisch, Therapie der Zukunft gegen resistente Bakterien. Das geht jetzt aber schon so lange, dass mich immer wieder Leute fragen, was denn nun wirklich ist mit den Bakteriophagen. Heute hat mich Matthias Warkus auf Facebook wieder einmal wegen des Themas angestupst.

http://www.scilogs.de/fischblog

Kennen wir seit Jahren, können wir mitsingen: Osteuropa, lange in Vergessenheit geraten, hochspezifisch, Therapie der Zukunft gegen resistente Bakterien. Das geht jetzt aber schon so lange, dass mich immer wieder Leute fragen, was denn nun wirklich ist mit den Bakteriophagen. Heute hat mich Matthias Warkus auf Facebook wieder einmal wegen des Themas angestupst.

Die Frage dort ist zwar etwas konkreter (über die EHEC-Epidemie von 2011) als die im Titel, haut aber in dieselbe Kerbe: Wenn die Phagen so super sind, warum nutzt sie kaum jemand? Der FAZ-Artikel von 2014 ist relativ typisch darin, dass die Autorin regulatorische Hürden als Problem zitiert und ansonsten vage bleibt. Eine weitere Schwierigkeit fällt hier und in den meisten anderen Beiträgen unter den Tisch, vermutlich weil die meisten Artikel (der hier zitierte sogar im Titel) diesen Punkt als große Stärke der Phagentherapie herausstellen: Ihre Spezifität.

Was macht die Phagentherapie nun so interessant? Zum einen ihre erstaunliche Spezifität. Bakteriophagen infizieren nur bestimmte Bakterienarten. Sie fahren keinen Großangriff wie die meisten Antibiotika, die auch die Darmflora angreifen.

Wenn man von der klassischen Antibiose und den Resistenzen kommt, klingt es erstmal wie ein uneingeschränkter Vorteil, dass die Bakteriophagen auf eine einzige Bakterienart, oft sogar auf einen einzigen Stamm spezialisiert sind. Das hat in der Praxis aber auch Nachteile.

Stellen wir uns den klassischen Anwendungsfall für Antibiotika vor: Mama kommt mit Klein-Fritzchen zum Arzt, Klein-Fritzchen hat ne Mittelohrentzündung. Kein Problem, wir haben ja unsere hochspezifischen Phagen. Dummerweise gibt es eine ganze Latte von Keimen, die Mittelohrentzündungen verursachen können.

Jetzt haben wir zwei Möglichkeiten: Wir können einen Abstrich machen und rausfinden, was für einen Keim wir da genau vor uns haben. Das dauert aber ne Weile, und in vielen Fällen haben wir nicht mal eben so zwei, drei Tage Zeit, um auf die Analytik zu warten.

Alternativ könnte man natürlich einfach den Patienten mit einem Gemisch aus Bakteriophagen gegen alle denkbaren Erreger bewerfen. Aber erstens muss man die erstmal haben, und zweitens ist das dann eher nicht mehr die angepriesene hochspezifische Therapie. Nicht zu vergessen: auch gegen Phagen bilden sich Resistenzen.

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Von Menschen und Mäusen

Seide ist ein sehr interessantes Material mit mehr Anwendungsmöglichkeiten als die meisten kennen. Wenn man wie ich ein ausgeprägt grünes Gewissen hat, freut man sich über einen (meist) rein biologischen Stoff, der nichts mit Erdölraffinerien zu tun hat. Es sei denn natürlich, man hat auch noch ein Herz für Raupen. Dann wird das auch wieder schwierig. Außerdem brennt reine Seide nicht so lichterloh wie Kunstfasern, was im Labor schon mal ganz praktisch sein kann. Das habe ich aber noch nicht ausprobieren können.

Rama via Wikimedia Commons, Scilogs 

Seide ist ein sehr interessantes Material mit mehr Anwendungsmöglichkeiten als die meisten kennen. Wenn man wie ich ein ausgeprägt grünes Gewissen hat, freut man sich über einen (meist) rein biologischen Stoff, der nichts mit Erdölraffinerien zu tun hat. Es sei denn natürlich, man hat auch noch ein Herz für Raupen. Dann wird das auch wieder schwierig. Außerdem brennt reine Seide nicht so lichterloh wie Kunstfasern, was im Labor schon mal ganz praktisch sein kann. Das habe ich aber noch nicht ausprobieren können. 

Wo wir bei Labor sind. Seide, bzw. das Protein aus dem Seidenfasern bestehen, hat sich hier in den letzten Jahren insbesondere im Bereich des tissue engineering eine Heimat erobert. Hier bei uns an der MHH wird untersucht wie man Spinnenseide als Matrixmaterial für das Züchten von verschiedenen Geweben verwenden kann. Das Hauptaugenmerk liegt bei der Forschung vor Ort aber auf dem Einsatz in der Reparatur von Nervenfasern, wobei die Spinnenseide nicht als Nervenersatz dient, sondern wieder als Trägermaterial eingesetzt wird. Das „Labor“ der Spinnenzucht sieht auch entsprechend gruslig aus, wie hier zu sehen ist. Eine kurze Pubmed-Abfrage liefert noch weitere Einsätze von Seidenfasern, z.B. in der Wundheilung oder als essbarer Schicht auf Nahrungsmitteln um die Haltbarkeit zu verlängern. Beim letzten bin ich mir nicht sicher wie ich das finde, mein erstes Gefühl ist eher Iiihhh!!

In der Veröffentlichung, die ich dieses Mal mitgebracht habe, wird noch eine weitere Anwendungsmöglichkeit für die besagten Seidenproteine vorgestellt. Blutproben müssen direkt nach der Entnahme stabilisiert werden, da sich einzelne Bestandteile ansonsten sehr schnell abbauen und somit die weiteren Untersuchungsergebnisse massiv verfälscht würden. Am einfachsten ist es, die Proben sofort und bis zur Analyse auf Eis zu halten. Im Krankenhaus und beim Arzt kann das noch gewährleistet werden, draußen „im Feld“ sieht das allerdings schon ganz anders aus. Eine vielfach angewandte Alternative ist das Auftropfen von Blut auf einem Trägerpapier auf dem man die wässrige Phase abdampfen lässt. Die festen Bestandteile kleben dann quasi auf dem Papier fest. Es gibt mittlerweile aber auch wesentlich ausgefeiltere Trocknungsmethoden zur Stabilisierung. Dadurch wird zunächst einmal das Volumen und Gewicht der Proben stark verkleinert und außerdem in der Theorie die Haltbarkeit der Probe erhöht, da so keine Hydrolyse oder enzymatischer Abbau erfolgen kann. In extremen Umwelten, z.B. bei hoher Temperatur und Luftfeuchtigkeit, ist dieser Schutz nicht mehr unbedingt gegeben, wodurch auch diese getrockneten Proben kühl gelagert werden müssen.

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WeiterGen

Wir sprachen gerade über Soziale Medien in der Wissenschaftskommunikation. Wie der Zufall es will, liefert uns ein Filmfestival in den USA aktuell schönstes Anschauungsmaterial. Das Tribeca Film Festival schmückt sich jedes Jahr mit tollen Filmen, oft abseits des Mainstreams. Dokumentationen zählen zum Kernprogramm. Dieses Jahr sollte der Film “Vaxxed: From cover up to catastrophe” gezeigt werden.

http://www.scienceblogs.de/weitergen

Wir sprachen gerade über Soziale Medien in der Wissenschaftskommunikation. Wie der Zufall es will, liefert uns ein Filmfestival in den USA aktuell schönstes Anschauungsmaterial. Das Tribeca Film Festival schmückt sich jedes Jahr mit tollen Filmen, oft abseits des Mainstreams. Dokumentationen zählen zum Kernprogramm. Dieses Jahr sollte der Film “Vaxxed: From cover up to catastrophe” gezeigt werden.

Der Regisseur des Films ist Andrew Wakefield. Wakefield ist eine Ikone der Impfgegner-Szene. Er ist durch die Publikation einer Studie in einem renommierten Wissenschaftsjournal bekannt geworden, in der ein vermeintlicher Zusammenhang zwischen der Kombi-Impfung gegen Masern, Mumps und Röteln (MMR) und Autismus bei Kindern gezeigt wurde.

Inzwischen konnte klar gezeigt werden, dass kein Zusammenhang zwischen der Impfung und Autismus besteht. Wakefield wurde mehrfaches wissenschaftliches Fehlverhalten nachgewiesen, er hat seine Approbation als Arzt verloren und das besagte Paper ist zurück gezogen worden.

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BlooDNAcid

Da wendet man seine Aufmerksamkeit mal kurz von der leidigen Impfdebatte ab und schon verpasst man fast zwei wichtige Entwicklungen, von denen die eine als ärgerlicher Rückschlag, die andere aber als Erfolg gewertet werden kann.

http://scienceblogs.de/bloodnacid

Da wendet man seine Aufmerksamkeit mal kurz von der leidigen Impfdebatte ab und schon verpasst man fast zwei wichtige Entwicklungen, von denen die eine als ärgerlicher Rückschlag, die andere aber als Erfolg gewertet werden kann.

Ein Rückschlag war sicher, daß David Bardens den Prozess gegen den Impfleugner S. Lanka (zum Hintergrund siehe hier) in zweiter Instanz verloren hat. Ich schließe mich zwar der Einschätzung von Ulrich nebenan zur rein formalen Korrektheit des Urteils an, finde diese Entwicklung aber dennoch überaus ärgerlich. Denn natürlich wird in Impfleugnerkreisen der Ausgang des Verfahrens so dargestellt, als habe Lanka in der Sache recht, anstatt einzuräumen, daß das Gericht im Prinzip lediglich bestätigt hat, daß Lanka Bardens in eine Falle gelockt hat und allein deshalb nicht zahlen muß, weil er nicht zahlen will (d.h., weil er die vorgelegten Belege nicht anerkennen will und muß) und nicht etwa, weil es mißlungen wäre, die Existenz des Masernvirus nachzuweisen.

Man muß also immer wieder und deutlich klarstellen, daß hier kein Gericht entschieden hat, daß es keine Masernviren gibt oder daß es falsch wäre, eine derart idiotische Behauptung anzuzweifeln. Der Prozess hat lediglich gezeigt, daß ein Impfleugner niemals aufgrund rationaler Argumente anerkennen wird, daß er im Irrtum ist, da seine Überzeugung von vorneherein nicht auf rationalen Argumenten beruht. Ferner hat er sehr schön vorgeführt, daß Impfleugner lieber zu Tricks und semantischem Blendwerk („Auslobung“ statt „Ausschreibung“) greifen, um mit auf diese Weise erschlichenen Prozesserfolgen hernach unter falscher Flagge für ihre zutiefst dumme und gefährliche Sache hausieren zu gehen.

Als Erfolg ist hingegen zu werten, daß der Impfleugner-Propagandafilm „Vaxxed“ nun doch nicht auf dem Tribeca-Filmfestival gezeigt werden soll. „Vaxxed“ ist ein Dokumentarfilm über irgendwelche albernen Verschwörungstheorien zur Rolle des CDC in der Masern-Impf-Kontroverse, bei dem ausgerechnet der überführte Betrüger Andrew Wakefield Regie geführt hat, der mit seiner gefälschten Studie in “The Lancet” die hartnäckige Lüge, daß Impfen Autismus auslöse, in die Welt gesetzt hat. Das führte nicht nur zu einem gefährlichen Rückgang der Impfquote und konsequent zu einem Anstieg der Masern-Neuinfketionen bei Teilen der Bevölkerung, sondern auch zum Einsatz “alternativer Heilverfahren”, die zwar nicht gegen Autismus halfen, dafür aber mindestens ein Kind umbrachten.

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Von Menschen und Mäusen

Ich habe es gelesen! Ihr wisst schon, das Paper mit der molekularen Schere und HIV und so. Hat CRISPR doch die Welt gerettet? Weit gefehlt! Die Forscher aus Dresden und Hamburg haben die schon lange verwendeten Rekombinasen für ihre Zwecke benutzt. Rekombinasen sind Enzyme, die in Bakterien und Pilze natürlich vorkommen und dort spezifische Zielsequencen erkennen und den direktionalen Austausch von kurzen DNA-Sequencen zwischen 30-40 Basenpaaren vermitteln.

Rama via Wikimedia Commons, Scilogs 

Ich habe es gelesen! Ihr wisst schon, das Paper mit der molekularen Schere und HIV und so. Hat CRISPR doch die Welt gerettet? Weit gefehlt! Die Forscher aus Dresden und Hamburg haben die schon lange verwendeten Rekombinasen für ihre Zwecke benutzt. Rekombinasen sind Enzyme, die in Bakterien und Pilze natürlich vorkommen und dort spezifische Zielsequencen erkennen und den direktionalen Austausch von kurzen DNA-Sequencen zwischen 30-40 Basenpaaren vermitteln.

Das heißt, dass diese Sequencen je nach Rekombinase z.B. "umgedreht" oder ganz ausgeschnitten werden. Rekombinasen werden auch gerne im Labor verwendet. Sagen wir, ich möchte eine Sequenz in ein Genom einbringen und um die Auswahl veränderter Zellen zu erleichtern, bringe ich zusätzlich einen Selektionsmarker ein, damit nur Zellen überleben, die auch die Veränderung tragen. Wenn mein Experiment erfolgreich war und ich Zellen gefunden habe, die die Zielsequenz in ihr Genom integriert haben, benötige ich den Selektionsmarker nicht mehr. Um ihn nachträglich wieder entfernen zu können, trägt er die Rekombinationssequenzen vor und hinter seiner Sequenz. Gibt man die passende Rekombinase dazu, schneidet diese die entsprechende Sequenz aus, bzw. invertiert und inaktiviert sie damit. Eine typischerweise verwendete Seqeunz wird als LoxP bezeichnet. Die LoxP-Sequenz stammt aus einem Virus (bzw. einer Bakteriophage). Das zur Einleitung.

Unsere Forscher waren auf der Suche nach einem Weg um den HI-Virus, der sich in das Genom von bestimmten Immunzellen integriert, wieder zu entfernen um Patienten final zu heilen. Und Rekombinasen eignen sich dazu ganz großartig. HIV gehört zu den Lentiviren, die während der Integration ins Genom deren eigene Sequenz von den sogenannten long terminal repeats (LTRs) flankieren, die den Virus dazu befähigen wieder aus dem Wirtsgenom "auszutreten" um neue Viren zusammen zu bauen. Und genau diese Sequenzen sollten genutzt werden um HIV endgültig zu entfernen. Eine Analyse dieser LTR-Sequencen in verschiedenen Patienten identifizierte eine Sequenz, die sich in 90% der HIV-Subtypen fand und die entfernt an die LoxP-Seqeunz erinnerte und von den Wissenschaftlern LoxBTR getauft wurde. Die HIV-Sequenz LoxBTR wich in 23 von 34 Basenpaaren von LoxP ab. Normalerweise schneidet die Cre-Rekombinase LoxP-Sequencen. Das ist durch die Abweichungen von der eigentlichen LoxP-Sequenz allerdings nicht möglich. Um eine Rekombinase zu erzeugen, die die entsprechende HIV-Sequenz erkennt wurde directed evolution verwendet. Diese Methode wird angewandt, wenn nicht genau klar ist, wie ein Protein verändert werden kann  um einen gewünschten Effekt zu erzielen. Directed Evolution vollzieht dabei "normale" Evolution quasi im Kleinen nach. Dafür benötigt es zunächst einen Pool (eine Auswahl) von möglichen Variationen, die unterschiedliche Auswirkungen auf die "fitness" (also unterschiedliches Verhalten unter Selektionsbedingungen aufweisen) und dass die Eigenschaft vererbbar ist. Und fertig ist der Evolutionsbaukasten. Zusammenfassen lässt sich die Idee ganz einfach so: die Cre-Rekombinase erkennt LoxP, soll aber LoxBTR erkennen.

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Fischblog

Ich wollt ja nicht... Aber nun gut, ein paar Worte von mir zu der Geschichte, dass nicht Zika für die Häufung der Mikrozephalie-Fälle in Brasilien verantwortlich sei, sondern das Pestizid Pyriproxyfen. Das Ganze sollte man, um es gleich vorweg zu sagen, mit großer Vorsicht genießen - und man braucht eigentlich kein naturwissenschaftliches Fachwissen, um die Warnsignale zu erkennen.

http://www.scilogs.de/fischblog

Ich wollt ja nicht... Aber nun gut, ein paar Worte von mir zu der Geschichte, dass nicht Zika für die Häufung der Mikrozephalie-Fälle in Brasilien verantwortlich sei, sondern das Pestizid Pyriproxyfen. Das Ganze sollte man, um es gleich vorweg zu sagen, mit großer Vorsicht genießen - und man braucht eigentlich kein naturwissenschaftliches Fachwissen, um die Warnsignale zu erkennen.

Orac drüben in den Scienceblogs (der das Ganze knallhart als Verschwörungstheorie einsortiert), hat sich in seinem Blog ausführlich mit der Frage befasst, wie plausibel die These mit dem Pestizid aus toxikologischer Sicht ist und wie das mit Mikrozephalie und Zika aussieht. Das ist gut, dann muss ich das nicht machen. 

Glauben die das eigentlich selbst?

Ich vermute aber eher, dass Zika, Mikrozephalie und Monsanto hier nur gern genommene Aufhänger sind, um Publicity für die Medicos de Pueblos Fumigados und ihr Anliegen zu generieren. Ich habe erstmal keinen Grund, an der Ernsthaftigkeit der Organisation und ihres eigentlichen Anliegens zu zweifeln. Nur, so richtig scheint die Truppe an ihre steile These ja selbst nicht zu glauben.

Zum einen steht der vermeintliche Zusammenhang mit Pyriproxifen in der Veröffentlichung, soweit ich das sehen kann, gar nicht explizit drin. Die Autoren suggerieren einen solchen Zusammenhang an mehreren Stellen, aber nie konkret genug, dass man sie auf die Aussage festnageln könnte. Tatsächlich ist der Titel des Papiers sogar sehr zurückhaltend und verrät, dass der Fokus des Artikels eigentlich eher allgemein ist:

("Dengue-Zika"? Egal...) Schon von den sieben Punkten der Zusammenfassung befassen sich selbst mit guten Willen interpretiert lediglich zwei mit dem vorgeblichen Zusammenhang zwischen Pyriproxyfen und Mikrozephalie. Man kann aber sehr schön sehen, wie die Idee in die Köpfe des Publikums gepflanzt wird. Punkt 2 der Zusammenfassung enthält zwei einigermaßen unstrittige Befunde, die erstmal kommentarlos nebeneinander stehen: Den Anstieg der Mikrozephalie-Fälle 2015 und den Einsatz des Pestizids seit anderthalb Jahren.

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